Organe des MDK sind nach dem Fünften Sozialgesetzbuch (§ 279) der Geschäftsführer und der Verwaltungsrat. Aufgabe des Geschäftsführers ist insbesondere die Führung der laufenden Geschäfte des MDK sowie die gerichtliche und außergerichtliche Vertretung des Unternehmens.

Die Aufgaben des MDK-Verwaltungsrates sind:

• die Aufstellung der Satzung
• die jährliche Feststellung eines Haushaltsplanes
• die jährliche Prüfung der Betriebs- und Rechnungsführung
• die Aufstellung von Richtlinien für die Erfüllung der Aufgaben des MDK
• die Entscheidung über Standorte von Beratungs- und Begutachtungsstellen
• die Wahl und Entlastung des Geschäftsführers und seines Stellvertreters

Die Mitglieder des Verwaltungsrates werden von den Verwaltungsräten der Träger des MDK Berlin-Brandenburg gewählt. Die Amtsdauer des Verwaltungsrates beträgt 6 Jahre. Sie begann beim gegenwärtigen Verwaltungsrat im Juli 2006.

Alternierende Vorsitzende:

Günther Furchtbar (Arbeitgebervertreter)	Wolfgang Metschurat (Versichertenvertreter)

Stand: 14. Dezember 2011